O Parque foi criado em 1977 e foi tombado pelo COMDEPHAAT em 1985.

A UNESCO, através do programa Homem e Biosfera -MAB- passou a considerar a Mata Atlântica como Reserva da Biosfera, passando a ser "um instrumento de conservação que favorece a descoberta de soluções para problemas como o desmatamento das florestas tropicais, a desertificação, a poluição atmosférica, o efeito estufa, etc."

Em 1979 foi incorporado à área original do Parque, o Núcleo Picinguaba. Este Núcleo,que está localizado em Ubatuba, próximo à divisa com o Estado do Rio de Janeiro, ao lado de Paraty, é o único que atinge o nível do mar,apresentando em sua área tanto ambientes costeiros, de praia, como também, ambientes com alta declividade.

A dificuldade de acesso conseguiu preservar até a década de '70 (quando da inauguração da Rodovia BR-101 ) boa parte da mata e a rica cultura dos moradores da região, caracterizada por uma completa integração com a natureza. Porém, da década de'80 em diante observamos um grande desmatamento, uma descaracterização do modo de vida dos moradores e uma crescente tensão social.

É dentro deste quadro que o Núcleo Picinguaba tem a função de promover a preservação da mata, e estimular a integração dos diferentes segmentos de população: pescadores, índios, pesquisadores, turistas.